موسسه فرهنگی موزه های بنیاد از بدو تاسیس، پروژه های پژوهشی فراوانی در زمینه های گوناگون را به انجام رسانده است. این موسسه فرهنگی، با در اختیار داشتن آثار فراوان فرهنگی و هنری – تاریخی از جمله ، سفال های تاریخی و اسلامی ، تندیس ها و مفرغینه های زیبا، سکه های منحصر به فرد و نایاب، جواهرات چشم نواز، بافته های کهن ایرانی ، جنگ افزار های نادر، تابلوهای نفیس، روزنامه های کمتر دیده شده و خودروهای کلاسیک محل مناسبی برای پژوهشگران است. از جمله پروژه های پژوهشی این موسسه می توان به انجام بیش از ۱۵ پایان نامه در مقطع کارشناسی ارشد و دکترا از دانشگاه های تهران، دانشگاه هنر، دانشگاه تربیت مدرس و دانشگاه هنر اصفهان اشاره کرد. علاوه بر این موسسه فرهنگی موزه ها همواره جایی برای مطالعه و دانش افزایی دوستداران فرهنگ و هنر است.
لیست پروژه های انجام شده به تفکیک گنجینه های موسسه فرهنگی :
گنجینه تهران قدیم – چینی و سرامیک و شیشه ؛
پایان نامه با عنوان قاب آئینه های قاجاری
گنجینه نقش و رنگ؛
پایان نامه با عنوان بررسی نقوش قلمدان های قاجار و طراحی لباس
گنجینه جنگ افزار؛
۱-ساختار شناسی تیغه های فولاد جوهر دار و ارائه طرح درمان و مرمت
۲-جنگ افزارهای ایران در عصر قاجار
۳-بررسی تطبیقی ویژگی فنی هنری جنگ افزارهای سرد ایران در دوره صفوی و قاجار(مورد پژوهشی آثار موزه های نظامی تهران ،شیراز و بنیاد مستضعفان)
۴-بررسی و مطالعه تحلیلی و مقایسه ای پییکرک های مفرغی در گنجینه موزه ایران باستان(پژوهشی در خصوص تعیین اصالت مجموعه عصر آهن)
گنجینه سفالینه؛
۱-شناخت نمادهای زمین و آسمان در ایران پیش از اسلام
۲-بررسی نقوش سفالینه های ایران باستان موجود در دفینه(گیان و گودین)
۳-روند تولید سفال قالبی در ایران از دوره سلجوقی تا تیموری
۴-معرفی و تحلیل باستانشناختی تکنیک ساخت سفالهای زرین فام موجود در مجموعه موسسه موزه های بنیاد
۵-بررسی فنی و آسیب شناسی سفالینه های دارای لعاب مینائی(مطالعه موردی حفاظت نمونه ای سفال مینائی متعلق به موزه دفینه)
۶- فن شناسی و مرمت سفالینه های اسگرافیاتو (مطالعه ۲ نمونه موجود در گنجینه سفال)
۷-مطالعه تکنیک ساخت سفالهای مینائی و لاجوردی موجود در موسسه موزه های بنیاد
۸- پژوهشی در سفال های ساسانی و اوایل دوره اسلامی موسسه فرهنگی موزه های بنیاد مستضعفان و مقایسه آن با سفال های هم عصر در موزه ملی ایران(کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد کازرون)
۹-معرفی و مطالعه تکنیک سفال های حکاکی گلابه ای زیر لعاب با تزئین سیلوئت؛بررسی موردی, سفال های موجود در موسسه فرهنگی موزه های بنیاد(کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد تهران مرکز)
