در حال حاضر، موسسه فرهنگی موزه‌های بنیاد ۱۳ خزانه فعال تخصصی با عناوین زیر را اداره می‌کند:
“بافته”، “تندیس”، “چینی، شیشه و سرامیک”، “پول”،”مطبوعات”، “جنگ‌افزارهای تاریخی”، “هنر سفال”، “رنگ و نقش”، “جواهر و آرایه”، “تماشاگه تاریخ”، “سازه‌های معماری”، “خودروهای تاریخی”، “زمان”.
موسسه فرهنگی موزه‌های بنیاد همواره از خزانه‌های موجود برای برگزاری تورهای آشناسازی مجموعه‌های برون سازمانی با موزه‌ها و خزانه‌های موسسه و مشارکت در رویدادهای ویژه بیرون از موسسه با هدف تعمیق فعالیتهای پژوهشی استفاده می‌نماید.
اقدامات این بخش عبارتند از:
- برگزاری نمایشگاه‌های موقت؛
- آسیب‌شناسی اشیاء و آثار موزه‌ای؛
- تشکیل کارگاه تجهیز خزانه‌ها؛
- مرمت اشیاء، آثار و ساختمان‌های ثبت شده و تحت نظر؛
- تکمیل مرحله به مرحله‌ی اطلاعات مستند اشیاء در پوشه‌های مستقل برای هر شیء؛
- پیشگیری و نظافت علمی اشیاء با استفاده تجارب دیگر موزه‌ها و سازمان‌های تخصصی؛
- تهیه تصویر اشیا جهت مستند کردن سوابق آنها و نیز بهره‌برداری‌های هنری و انتشاراتی؛
- خدمات پژوهشی دانشجویی؛
- تهیه شناسنامه اشیای موزه‌ای؛
معرفی اجمالی خزانه‌های موسسه فرهنگی موزه های بنیاد
- خزانه بافته: بیش از ۱۰۰۰ قلم بافته متشکل از قالیچه ها و قالیهای دستباف، قطعات پرده خانه خدا، تن‌پوش‌های سنتی و یونیفورم‌های نظامی، و انواع پارچه‌های نفیس دست‌دوزی شده مزین به تزئینات گوناگون در این خزانه نگهداری می‌شود. قدیمی‌ترین بافته‌های خزانه با قدمتی بالای هزارسال به کفن‌های آل‌بویه موسوم است.
- خزانه تندیس: در خزانه تندیس حدود ۱۱۰۰ اثر حجمی، شامل تندیس‌های بزرگ و کوچک از جنس برنز، فولاد و سنگ و غیره در رنگ و اندازه‌های گوناگون با قدمت‌های متنوع نگهداری می‌شود.
- خزانه چینی، شیشه و سرامیک: غنی‌ترین و متنوع‌ترین خزانه موسسه به لحاظ جنس با بیش از۲۰هزار شیء است که از مهمترین آنها می توان به آثار شیشه‌ای، سنگی، فلزی، سرویس‌های غذاخوری چینی و کریستال، عاج و قلمدان و ابزار روشنایی اشاره کرد.
- خزانه پول: این خزانه اختصاص به نگهداری اشیای مبادلاتی و پول‌های رایج در تاریخ ایران شامل حلقه‌های تبادل، سکه‌های ایرانی ( پیش از اسلام و بعد از اسلام ) و سکه‌های خارجی، اسکناس‌های ایرانی و خارجی، اوراق بهادر و بیش از ۶۰۰ هزار قطعه تمبر دارد.
- خزانه مطبوعات: گردآوری شماره‌های خاص از عناوین مطبوعات تاریخی کشور،به ویژه اولین‌های مطبوعات ایران هدف اصلی خزانه مطبوعات می‌باشد.
- خزانه جنگ‌افزارهای تاریخی: خزانه جنگ‌افزار با در اختیار داشتن مجموعه‌ای از انواع سلاح‌های گرم و سرد و ابزار دفاعی نظیر تپانچه،شمشیر، تیرو کمان، سپر و کلاه خود … ، و نیز سلاح‌های هزاره‌های قبل از میلاد، مجموعه‌ای ارزشمند جهت پژوهش در زمینه انواع جنگ‌افزار و روش‌های مختلف ریخته‌گری برنز و آهنگری به شمار می‌رود.
- خزانه هنر سفال: خزانه سفالینه‌ها با در اختیار داشتن مجموعه‌ای متشکل از حدود ۱۶هزار قطعه سفال از دوره‌های پیش ازتاریخ،تاریخی و اسلامی، یکی از کم نظیرترین مجموعه‌های کشور است. قدیمی‌ترین سفالینه‌های خزانه، قدمتی بیش از هفت هزار سال داشته و مربوط به حوزه‌های فرهنگی و جغرافیایی مختلف ایران هستند.
- خزانه رنگ و نقش: این خزانه شامل بیش از ۳۰۰۰ اثر تابلوی نقاشی و خط از دوره‌های مختلف تاریخی ایران به ویژه از دوره صفویه به بعد، و همچنین آثار غیر ایرانی هنرمندان اروپایی از حدود قرن ۱۷ میلادی تا دوره معاصر است.
- خزانه جواهر و آرایه: کامل‌ترین مجموعه‌ی زیورآلات تاریخی ایران از هزاره‌های قبل از میلاد تا دوران معاصر در این خزانه نگهداری می‌شوند.
- خزانه تماشاگه تاریخ: در این خزانه، مجموعه‌ایی از ابراز کار و زندگی و دیگر عناصری که در زندگی مردم تهران از آن استفاده می‌شود متمرکز گردیده است.
- خزانه سازه‌های معماری: مجموعه‌ای از عناصر چوبی به کار رفته در معماری بناهای ایرانی و مبلمان و غیره از دوره‌های صفوی تا امروز در این خزانه گردآوری شده‌اند.
- خزانه خودور های تاریخی: شامل خودروهای منحصر به فرد از کمپانی‌های معروف دنیا از قبیل: فورد، بنز، فراری، بنتلی، فولکس، کادیلاک و …
- خزانه زمان: در این خزانه انواع ساعت‌های مکانیکی شامل: دیواری، طاقچه‌ای، جیبی، مچی و غیره موجود است.