از غنی‌ترین، متنوع‌ترین و زیباترین خزانه‌های موسسه می‌توان از خزانه چینی، شیشه و سرامیک نام برد. در این خزانه بیش از ۲۰۰۰۰ شی هنری از ایران و سایر کشورهای جهان نگهدای می‌شود. قدیمی‌ترین اثر این خزانه نمونه‌ای از شیشه بکار رفته در معبد چغازنبیل و از شاخص‌ترین آثار این مجموعه می‌توان از شیشه‌های متعلق به دوران ساسانی نام برد. آثار هنری زیبای بلور، کریستال و بارفتن از کشورهایی چون فرانسه، آلمان و چکسلواکی و ساخت کارخانه‌های معتبری چون روزنتال، میسن، باکارا، بوهمیا و … به زیبایی و غنای این مجموعه افزدوده است.